Les situations des salariés de droit privé et des fonctionnaires ne peuvent se comparer complètement en matière de droits à congé ou absence en cas de longue maladie. Toutefois, comme les salariés de droit privé, les fonctionnaires bénéficient bien de périodes rémunérées, notamment en cas d'affections graves et durables, pour se faire soigner. Celles-ci prennent la forme de congés dont les principes sont rappelés ci-dessous. 

En application des articles L. 822-2 à L. 822-17 du code général de la fonction publique, le fonctionnaire en activité a droit à plusieurs types de congés maladie : 

- Un congé de maladie ordinaire d'un an maximum pour les pathologies les plus courantes, indemnisé à hauteur de trois mois à plein traitement, hors jour de carence, et de neuf mois à demi-traitement ;

- Un congé de longue maladie (CLM), utisable de façon continue ou discontinue, notamment dans le cadre d'affections nécessitant un traitement et des soins prolongés, d'une durée de trois ans maximum dont un an à plein traitement et deux ans à demi-traitement ;

- Un congé de longue durée (CLD) de cinq ans maximum si le fonctionnaire est atteint par l'une des maladies graves listées au niveau législatif et qu'il est dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions. Ce congé est indemnisé à hauteur de trois ans à plein traitement et de deux ans à demi traitement. 

À la différence du congé de longue durée (CLD), le droit à congé de longue maladie se renouvelle dès lors que le fonctionnaire a repris ses fonctions pendant au moins un an. Le CLM est ainsi mieux adapté pour les maladies chroniques et invalidantes nécessitant un traitement et des soins prolongés. 

Plusieurs dispositifs permettent le maintien et le retour en emploi du fonctionnaire, s'il est atteint de maladies nécessitant des soins continus. D'une part, le médecin du travail peut proposer des aménagements de poste de travail justifiés par l'âge, la résistance physique ou l'état de santé de l'agent public : dérogation aux plages horaires fixes de présence, télétravail (le nombre de jours de télétravail peut être porté à cinq jours par semaine pendant une période maximale de six mois).

D'autre part, un temps partiel pour raison thérapeutique peut être accordé au fonctionnaire dans la perspective de sa réadaptation à l'emploi ou parce que la reprise du travail est de nature à améliorer son état de santé (accordé par période de trois mois après avis médicaux, durée maximale d'un an, exercé de manière continue ou discontinue et rémunéré à plein traitement). 

Les droits des fonctionnaires en matière d'arrêt pour raisons de santé sont donc clairement constitués, même s'ils peuvent se différencier de ceux des salariés du secteur privé.  Toutefois, conscients des difficultés auxquelles les fonctionnaires malades peuvent être confrontés, s'agissant en particulier du niveau des ressources dont ils peuvent continuer à bénéficier en cas d'arrêt de travail dûment constaté face à une longue maladie, les pouvoirs publics ont engagé des actions volontaristes dans le cadre du dialogue social. C'est ainsi qu'ont été conclus deux accords de portée historique, le 11 juillet 2023 pour la fonction publique territoriale et le 20 octobre dernier pour la fonction publique d'État, pour renforcer la prévoyance des agents de la fonction publique et majorer significativement le revenu de remplacement en cas d'arrêt pour longue maladie. Sur cette base, le gouvernement poursuit des travaux pour faire évoluer les conditions d'articulation du congé de longue maladie et du congé de longue durée des fonctionnaires.

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