Dans le cadre de l'état d'urgence sanitaire, les agents ne relevant pas d'un plan de continuité d'activité et ne pouvant télétravailler ont été placés en autorisation spéciale d'absence (ASA) par leur employeur territorial lors du premier confinement qui a pris fin le 11 mai 2020. En effet, cette position administrative garantit le maintien de la rémunération de l'ensemble de ces agents, quel que soit leur statut.

Par ailleurs, afin de sécuriser la situation des agents concernés et d'alléger la charge financière pour les collectivités, le Gouvernement a mis en place un dispositif exceptionnel à destination des agents considérés comme « vulnérables », au sens du Haut Conseil de la santé publique.

Les personnes vulnérables, qu'elles relèvent du régime général de la sécurité sociale ou du régime spécial de la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales (CNRACL) dont les missions ne pouvaient être exercées en télétravail, pouvaient bénéficier d'un arrêt de travail, soit en se rendant sur le portail de la Caisse nationale d'assurance maladie des travailleurs salariés (CNAMTS) afin de déposer une déclaration si elles sont en affection de longue durée, soit en s'adressant à leur médecin traitant ou à leur médecin de ville, selon les règles de droit commun.

Leurs employeurs pouvaient demander à l'assurance maladie le remboursement des indemnités journalières correspondant à ces arrêts de travail dérogatoires, soit directement, en cas de subrogation, soit indirectement, par compensation sur la rémunération suivante des agents les ayant perçues.

À l'issue de la première période de confinement du 17 mars au 11 mai 2020, les employeurs territoriaux ont été invités à maintenir en ASA les seuls agents vulnérables se trouvant dans l'impossibilité d'exercer leurs missions en télétravail et pour lesquels leur employeur estimait ne pas être en mesure de mettre en œuvre les aménagements de poste nécessaires à l'exercice de leurs missions en présentiel dans le respect des mesures de protection renforcées précisées par le décret n° 2020-1365 du 10 novembre 2020 pris pour l'application de l'article 20 de la loi n° 2020-473 du 25 avril 2020 de finances rectificative pour 2020.

Depuis le 27 septembre 2021, les agents les plus vulnérables face au risque de forme grave d'infection au Covid-19 sont ceux répondant aux critères de vulnérabilité définis au 1° de l'article 1er du décret n° 2021-1162 du 8 septembre 2021 pris pour l'application de l'article 20 de la loi n° 2020-473 du 25 avril 2020 de finances rectificatives pour 2020. La prise en charge spécifique de ces agents, quel que soit leur statut vaccinal, ne peut s'effectuer qu'à la demande de ceux-ci et sur présentation à leur employeur d'un certificat établi par un médecin.

En effet, à l'exception des agents listés à l'article 12 de la loi n° 2021-1040 du 5 août 2021 relative à la gestion de la crise sanitaire pour lesquels l'exercice de leur activité professionnelle est soumise au respect de l'obligation vaccinale contre la Covid-19, le Gouvernement a fait le choix de la responsabilité individuelle, appelant chacun à se faire vacciner au regard des enjeux sanitaires et sociaux et a défini un dispositif de prise en charge des personnes vulnérables reposant désormais sur des critères liés au caractère fortement immunodéprimé de l'agent ou de l'exposition de l'agent vulnérable à de fortes densités virales.

S'agissant des agents vulnérables sévèrement immunodéprimés, il appartient à leur employeur, sur présentation d'un certificat établi par un médecin, de les placer en ASA lorsque les missions ne peuvent être exercées en télétravail.

S'agissant des agents vulnérables non-sévèrement immunodéprimés, sur présentation d'un certificat attestant que l'intéressé se trouve dans l'une des situations prévues par voie réglementaire et est affecté à un poste susceptible d'exposition à de fortes densités virales et pour lequel les mesures de protection renforcées précisées à l'article 2 du décret du 8 septembre 2021 ne peuvent être appliquées ou sont insuffisamment efficaces, il appartient à leur employeur de les placer en ASA si le télétravail n'est pas possible.

Lorsque l'employeur estime que la demande de placement en ASA n'est pas fondée, il saisit le médecin de prévention, qui se prononcera sur l'exposition à de fortes densités virales du poste et vérifiera la mise en œuvre des mesures de protection renforcées. L'agent est placé en ASA dans l'attente de l'avis du médecin de prévention. Sont également placés en ASA, au cas par cas, les agents pour lesquels l'exercice des missions en télétravail n'est pas possible et qui justifient, par la présentation d'un certificat médical, se trouver dans l'une des situations prévues par voie réglementaire ainsi que d'une contre-indication à la vaccination.

Pour les agents non-sévèrement immunodéprimés qui regagnent leurs postes de travail, il appartient à chaque employeur territorial de déterminer les aménagements de poste nécessaires à l'exercice des missions en présentiel par l'agent concerné, dans le strict respect des mesures de protection renforcées précisées à l'article 2 du décret du 8 septembre 2021.

Si les employeurs territoriaux ne peuvent désormais plus recourir au dispositif dérogatoire de prise en charge au titre des indemnités journalières de sécurité sociale pour les agents vulnérables relevant du régime spécial de la CNRACL mis en place lors du premier confinement, ce dispositif exceptionnel de prise en charge a toutefois été maintenu selon les mêmes modalités que lors du premier confinement pour les agents dans la même situation relevant du régime général de la sécurité sociale.

Aussi, il est du ressort de chaque employeur territorial de prendre en charge le maintien de la rémunération des agents vulnérables placés en ASA relevant du régime spécial de la CNRACL.

Compte tenu de ces éléments, le Gouvernement n'envisage pas d'instituer un nouveau dispositif spécifique de financement.

Par ailleurs, conformément aux dispositions de l'article 5 du décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux, « le congé dû pour une année de service accompli ne peut se reporter sur l'année suivante, sauf autorisation exceptionnelle donnée par l'autorité territoriale. ».

L'autorité territoriale peut donc autoriser, à titre dérogatoire, le report des congés annuels des agents publics territoriaux vulnérables qui ont été placés en autorisation spéciale d'absence (ASA) pendant la crise sanitaire. Aucun dispositif spécifique de report n'a cependant été institué suite à l'épidémie de covid-19. Aussi, afin de ne pas perdre le bénéfice de leurs jours de congés, les agents publics territoriaux placés en ASA pour cause de vulnérabilité lors de l'épidémie de Covid-19, ont la possibilité d'ouvrir et d'alimenter un compte-épargne temps dans les conditions de droit commun.

En application du décret n° 2004-878 du 26 août 2004 relatif au compte épargne-temps (CET) dans la fonction publique territoriale, le CET est alimenté par le report de jours de réduction du temps de travail et de congés annuels, sans que le nombre de jours de congés annuels pris dans l'année puisse être inférieur à vingt et sans que le nombre total de jours inscrits sur le CET n'excède soixante.

Le décret n° 2020-723 du 12 juin 2020 portant dispositions temporaires en matière de CET dans la fonction publique territoriale pour faire face aux conséquences de l'état d'urgence sanitaire a cependant augmenté, à titre dérogatoire, pour l'année 2020, le plafond réglementaire des jours pouvant être déposés sur le CET des agents territoriaux, pour le porter à soixante-dix jours.

Enfin, s'agissant de la situation des agents publics territoriaux vulnérables placés successivement en ASA et en congé maladie, conformément à la jurisprudence administrative (décisions du Conseil d'État du 26 avril 2017, n° 406009 et du 14 juin 2017, n° 391131) et à celle de la Cour de justice de l'Union européenne (arrêt C-350/06 et C-520/06 du 20 janvier 2009), les agents en congé maladie peuvent reporter leurs congés annuels restants au titre de l'année écoulée.

La circulaire du ministre de l'intérieur NOR COTB1117639C du 8 juillet 2011 confirme cette règle. Toutefois, ce droit au report n'est pas illimité et s'exerce dans les limites définies par le juge qui estime d'une part, qu'une demande présentée au-delà d'une période de quinze mois qui suit l'année au titre de laquelle les droits à congés ont été ouverts peut être rejetée par l'employeur et d'autre part, que le report doit s'exercer dans la limite d'un congé de quatre semaines (décision précitée en date du 26 avril 2017).

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Depuis le début de la crise sanitaire, le Gouvernement a mis en place un dispositif spécifique de prise en charge des agents territoriaux vulnérables présentant un risque de développer une forme grave d'infection au virus SARS-CoV-2.

 Dans ce cadre, les employeurs territoriaux ont été invités, à l'issue de la première période de confinement du 17 mars au 11 mai 2020, à maintenir en autorisation spéciale d'absence (ASA) les seuls agents vulnérables qui étaient dans l'impossibilité d'exercer leurs missions en télétravail et pour lesquels leur employeur estimait être dans l'impossibilité de mettre en œuvre les aménagements de poste nécessaires à l'exercice de leurs missions en présentiel dans le respect des mesures de protection renforcées précisées par le décret n° 2020-1365 du 10 novembre 2020 pris pour l'application de l'article 20 de la loi n° 2020-473 du 25 avril 2020 de finances rectificative pour 2020.

Depuis le 27 septembre 2021, deux catégories d'agents sont à distinguer : les agents vulnérables non sévèrement immunodéprimés et ceux sévèrement immunodéprimés. Sous réserve de ne pas justifier d'une contre-indication médicale à la vaccination, les agents vulnérables non sévèrement immunodéprimés peuvent reprendre en présentiel dès lors qu'ils ne sont pas affectés à un poste susceptible d'exposition à de fortes densités virales tandis que les agents vulnérables sévèrement immunodéprimés sont maintenus en ASA lorsque leurs missions ne peuvent être exercés en télétravail.

La prise en charge spécifique de ces agents, quel que soit leur statut vaccinal, ne peut s'effectuer qu'à la demande de ceux-ci et sur présentation à leur employeur d'un certificat établi par un médecin. En effet, à l'exception des agents listés à l'article 12 de la loi n° 2021-1040 du 5 août 2021 relative à la gestion de la crise sanitaire pour lesquels l'exercice de leur activité professionnelle est soumise au respect de l'obligation vaccinale contre la Covid-19, le Gouvernement a fait le choix de la responsabilité individuelle, appelant chacun à se faire vacciner au regard des enjeux sanitaires et sociaux et a défini un dispositif de prise en charge des personnes vulnérables reposant désormais sur des critères liés au caractère fortement immunodéprimé de l'agent ou à l'exposition de l'agent vulnérable à de fortes densités virales.

En l'état actuel, le dispositif précité tel que défini par une note d'information en date du 9 septembre 2021 demeure en vigueur et le Gouvernement n'entend pas dans l'immédiat y mettre un terme.

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La Direction générale de l'administration et de la fonction publique (DGAFP) a mis à jour le 25 mars 2022 sa foire aux questions (FAQ) sur "la prise en compte" dans la fonction publique "de l'évolution de l'épidémie de Covid-19".

Des informations complémentaires y ont été apportées sur les questions suivantes : comment doit-on travailler en présentiel ? Comment s’effectue l’accueil en restauration collective ? Quelles sont les situations où le port du masque reste obligatoire ? Quels sont les lieux d’accès toujours subordonnés à la présentation d’un passe sanitaire ? Qu’est-ce que le Covid long ?

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